Datele obţinute de la un secvenţiator ADN care poate citi atomi individuali dintr-o singură moleculă de ADN au adus cu sine şi o serie de probleme în analiza ADN.Una dintre principalele probleme în analiza ADN o reprezintă necesitatea creării de multiple copii ale ADN-ului analizat.

Cu noile aparate de pe piaţa acest lucru nu mai este un incovenient.Abordările la nivel molecular sunt privite ca reprezentând viitorul ăn domeniul secvenţiatoarelor, deoarece ele un necesită “amplificarea” ADN-ului, înainte de fi supus procesului de secvenţiere. Procesul amplificării poate introduce erori în secvenţa şi nu funcţioneaza la toate fragmentele de ADN, făcând dificilă secvenţierea întregului genom ADN.
Prin evitarea acestor incoveniente, abordarea la nivelul unei singure molecule ar putea reduce timpul şi costul secvenţierii genomului unui individ. Helicos inca nu a realizat scevenţierea unui genom uman – însă a aplicat această metodă pe genomul unui virus numit M13 care infectează bacterii. Genomul acestui virus este foarte mic, comparativ cu genomul uman, dar producătorii estimează că aparatul poate secvenţia un genom uman pentru aproximativ 72.000 $ în 8 săptămâni. Aparatul va costa aproximativ 1.35 milioane $, conform web-site-ului companiei. Metoda folosită de cei de la Helicos începe prin fărâmiţarea genomului în fragmente mici. O enzimă ataşează o scurtă etichetă ADN la capătul fiecărui fragment. Eticheta se leagă de o moleculă ADN complementară, ataşată unei platforme, ancorând fragmentul de ADN ăn loc. O enzimă de replicare a ADN-ului este apoi ataşată, împreună cu o serie de baze, ce conţin markeri fluorescenţi. Pe masură ce ADN-ul fluorescent se formează în fâşii complementare cu fragmentele genomului, iar o cameră preia o fotografie a fiecărei noi baze adăugate.
Dispozitivul poate secvenţia doar fragmente mici. Acest lucru limitează folosirea sa în secvenţierea unui genom mai mare. Fragmentele obţinute necesită alipirea lor, pe baza regiunilor de suprapunere, deci cu cât sunt mai mici fragmentele, cu atât este mai dificilă asamblarea lor. Acest lucru ne arată că aparatul celor de la Helicos ar avea dificultăţi în secvenţierea unui genom mare, care nu a mai fost secvenţiat până atunci. Ar putea asambla cel puţin 85% din genomul unei persoane, spune Timothy Harris de la Helicos, mai mult decât este necesar pentru a fi util.
www.nature.com