Tehnica chirurgilor incaşi era foarte precisă. În primul rând făceau o incizie circulară pe craniu, pe o zonă mai amplă decât cea care trebuia operată. Iar apoi se dădea gaura cu anumite instrumente. Aproape întotdeauna în zona centrală sau în stânga. Între craniile studiate există unul căruia i s-au practicat până la şapte găuri, fapt ce arată că era un caz complicat, dar că a reuşit să supravieţuiască după fiecare intervenţie. Se ştie şi că, deşi nu exista anestezia modernă şi nici antibiotice, exista o mare cunoaştere a plantelor medicinale. ”Arborele de coca era una din aceste plante, alături de tutunul sălbatic care, alături de berea de porumb serveau la alinarea durerii”. Între antisepticele naturale se menţionează folosirea de balsamuri şi a saponinelor, compuşi vegetali care reduc colesterolul. "Departe de ideea că nişte sălbatici practicau găuri în cap pentru a alunga spiritele rele, vestigiile arată că erau nişte chirurgi foarte specializaţi. Cercetările noastre arată că civilizaţiile preistorice obţinuseră deja inovaţii medicale importante. Şi, cea mai bună dovadă că erau operaţii utile în traumele craniene este că se practică şi în vremurile noastre”, afirmă Valerie Andrushko. În mod curios nu există referiri privind trepanaţiile craniene în cronicile făcute de primii ”conquistadori” ajunşi la Cuzco, sub comanda lui Francisco Pizarro. Arheologul american comentează totuşi că au fost găsite vestigii etnografice care arată că această practică nu a fost total abandonată după venirea spaniolilor, dar care ar fi dispărut odată cu extincţia Imperiului Incaş.